学部・大学院の構成
海事科学部
学部（入学定員200名）には次の3学科が置かれています。（各学科の紹介はリンク先をご覧下さい。）
入学時は一括で募集をしていますので、学科の配属は2年で行い、希望と成績によって学科が決定されます。ただし、「志」特別選抜で合格した学生は配属学科が決まっています。
船舶職員を指向する学生は、グローバル輸送科学科の航海マネジメントコース、マリンエンジニアリング学科の機関マネジメントコースで船舶職員のための資格条件となる関連科目を履修することが原則で、卒業後は乗船実習科(6カ月間)へ進むことが通常のコースです。(なお、2012年度以前入学では、海事技術マネジメント学科が対応学科です)。
2年生では総合科目2というゼミ形式の授業が用意されており、学科の枠と関係なく自由に興味を持った研究室で入門的な研究の機会を持つことができます。
また、4年生での特別研究についても、各教員の募集条件によりますが、原則的には学科の制約はありません。
大学院海事科学研究科
大学院海事科学研究科は、修士と博士を一貫して教育する教育体制である博士課程前期課程（2年間・入学定員60名）と博士課程後期課程（3年間・入学定員11名）に海事科学専攻がおかれています。入学時期は4月と10月があり、乗船実習科修了学生が進学する場合は10月入学が向いているでしょう。
大学院では研究室での研究が主体となりますから、進学の際は研究室の選択が重要となります。教員の組織は次のような大講座制になっています。
より具体的な研究分野の紹介は上記リンク先をご覧下さい。
大学院の専攻は一つですが、授業もこの各講座に対応して、3つのコマがほぼ並行して開講されています。平成20年度からは、「関西海事教育アライアンス」と呼ばれる大阪大学、大阪府立大学との協定による合同の授業も始まりました。
学位
海事科学研究科博士課程前期課程を修了した学生は、修士（海事科学）の学位を取得できます。また、後期課程を修了した学生は、博士（海事科学）、博士（工学）、博士（学術）のいずれかの学位を取得できます。
